Территория самого большого острова Бахрейн занимает почти 50 км с севера на юг и 15 км с запада на восток. Эти крупные острова по своему геологическому строению имеют небольшое сходство с Аравийским полуостровом. В центральной части острова расположено невысокое (примерно 30-35 метров над уровнем моря) плато, сложенное известняками. В некоторых местах наблюдаются отдельные «горы», чья высота около 120 метров. Именно там находится самая высокая гора (134 метров) Джебель-Дукан. Вдоль побережья идет целая полоса песчаных пляжей, которая иногда прерывается выходами коренных пород. Архипелаг обрамлен коралловыми рифами, которых больше на севере и северо-востоке Бахрейна.

Маленькие коралловые острова возвышаются выше уровня моря всего лишь на несколько метров, к тому же имеют ровную поверхность. Крупные острова имеют выходы пресных подземных вод, источники которых формируются на территории Аравийского п-ова, а стекают они в направление Персидского залива по наклонно залегающим породам водоупорного состава. Со дна моря в прибрежной зоне также бьют источники подземных пресных вод, которые используются в хозяйстве.

На островах наблюдается аридный тропический климат с прохладной зимой (например, в январе средняя температура составляет 16° С) и с довольно жарким и влажным летом (37° С). Годовое количество осадков в среднем насчитывается 90 мм. Острова время от времени страдают от сильных засух и пыльных бурь. А вот рек здесь нет совсем, доминантой считаются пустынные ландшафты. Площадь пустынь постепенно увеличивается из-за деградации обрабатываемых земель.

На пустынных территориях можно встретить такие засухоустойчивые растения и травы, как саксаул, гребенщик (тамарикс), верблюжья колючка, астрагал, полынь, сведа, солянка и др. Встречаются насаждения акации аравийской, которые созданы искусственным путем. Там, где на поверхности есть выходы грунтовых вод, встречаются оазисы с финиковыми пальмами и другими культурами.

Фауна на островах довольно бедная, но здесь водятся птицы, пресмыкающиеся и различные грызуны. Распространены морские черепахи, а в прибрежных водах живет примерно 400 видов рыб, включая промысловых. Коралловые рифы просто изобилуют крабами, креветками, омарами, моллюсками (и даже жемчужницами).